Os hifomicetos aquáticos compõem um grupo polifilético de microfungos classificado em três grupos ecológicos: fungos aero-aquáticos, fungos aquático-facultativos e fungos ingoldianos. O objetivo deste trabalho foi realizar um levantamento de espécies no Parque Estadual do Xingu (PEX)-MT, além de analisar a diversidade e similaridade das comunidades de hifomicetos aquáticos, em épocas chuvosa e seca. Foram realizadas duas expedições, em setembro de 2023 (época seca) e abril de 2024 (época chuvosa), na qual foram coletados dez galhos e dez folhas submersos em seis pontos equidistantes de um riacho, totalizando 120 substratos por coleta, que foram acomodados e identificados em sacos plásticos para serem levados ao Laboratório de Biologia de Micorrizas da Universidade Federal do Rio Grande do Norte e incubados em câmara-úmida. Foram encontrados 45 táxons, distribuídos em 32 gêneros, cinco classes e dois filos. Dentre esses, três são novos registros para a Amazônia meridional e um é novo registro para a Amazônia. Considerando os grupos de hifomicetos, três são fungos aero-aquáticos, 37 são aquático-facultativos e cinco ingoldianos. Análises ecológicas das comunidades mostraram que o PEX apresentou alta riqueza de hifomicetos, diversidade mais alta na época seca e baixa similaridade entre as épocas de coleta. Este trabalho contribui para o conhecimento da Funga brasileira e aponta a necessidade de mais trabalhos sobre hifomicetos para a Amazônia.